Gatunek podlega istotnej presji ze strony drapieżników. Opisano drapieżnictwo na mikrusku myszatym ze strony 14 gatunków. Do rodzimych drapieżników zaliczają się płomykówka zwyczajna i fossa madagaskarska. Na mikruski myszate polują też introdukowane koty domowe i psy domowe. Mikruski wykształciły adaptacje zmniejszające ryzyko zgonu ze strony drapieżnika. Potrafią rozpoznać zapach drapieżnika i unikają miejsc przesyconych jego zapachem. Kontakt z zapachem drapieżnika zwiększał aktywność badanych zwierząt, czego nie czynił neutralny zapach.
Na południowym zachodzie swego zasięgu występowania mikrusek myszaty współwystępuje z mikruskiem szarobrązowym, na północnym zachodzie zaś z karłowatym, złotobrązowym i malutkim. W rejonie Ankarana współwystępować może z mikruskiem brązowogrzbietym.
Zagrożenia i ochrona Wszystkie lemurkowate (Cheirogaleidae) są objęte konwencją CITES Załączniki I, II i III w formacie pdf (pl). Również mikrusek myszaty uwzględniony został w Załączniku I tej konwencji. IUCN klasyfikuje go jako gatunek najmniejszej troski. Wśród zagrożeń Schwitzer i inni wymieniają rozwój rolnictwa metodą żarową (slash and burn) oraz odłów w celu trzymania jako zwierzę domowe, to ostatnie zwłaszcza w północnej i południowej części zasięgu występowania.