System ten miał jednak wady: zajmowało to wiele czasu, trzeba było kontrolować osoby kilkukrotnie (przed wejściem do autobusu na lotnisko, potem na lotnisku), poza tym wzbudziło to zainteresowanie państw arabskich. Przykładowo przedstawiciele syryjskiej ambasady przyjeżdżali samochodem oznaczonym jako „dyplomatyczny” pod samo lotnisko, opuszczali szybę i wszystko nagrywali. Zdarzały się także próby przekupstwa osób zaangażowanych w przeprowadzenie operacji.
Za transport lotniczy odpowiadały izraelskie linie El Al, które udostępniały swoje Boeingi 747. Planowano też udział LOT-u, ale firma miała trudności z wyczarterowaniem odpowiednich samolotów, a część załogi (m.in. piloci) odmówiła latania do Izraela.
Samoloty lądowały puste, z załogą, lekarzem i izraelskimi żołnierzami na pokładzie. Dwie godziny przed przylotem rozpoczynano patrolowanie lotniska, w którym brały udział opancerzone transportery i radiowozy z polsko-izraelską załogą. Antyterroryści obstawiali lotnisko, a w gotowości były jeepy i helikopter Mi-2.