W styczniu 1906 roku na zjeździe kapłanów mariawitów w Starej Sobótce podjęto decyzję o wypowiedzeniu posłuszeństwa biskupom Kościoła rzymskokatolickiego. Ks. Kowalski wraz z gronem wiernych był zmuszony opuścić istniejący do dziś kościół św. Mateusza w Sobótce Starej. Wówczas za mariawityzmem opowiedziało się około 7 tysięcy ludzi, nie tylko z Sobótki a także parafii znajdujących się w promieniu ok. 40 km.
Pierwsze nabożeństwa sprawowane były w zabudowaniach gospodarczych rodziny Kraszewskich z Nowej Sobótki, którzy przekazali znaczną część ziemi pod budowę kościoła. Jeszcze w 1906 zakupiono działkę za 20 tysięcy rubli, które pochodziły z ofiar ludu mariawickiego. W ciągu niespełna roku zbudowano duży, neogotycki kościół, któremu nadano wezwanie św. Mateusza Apostoła i Ewangelisty oraz św. Rocha Wyznawcy. Chciano w ten sposób ukazać, iż mariawici nie zrywają z dotychczasową tradycją, lecz czują się kontynuatorami parafii w Starej Sobótce. Ponadto otworzono ochronkę w Kępinie oraz szkołę dla analfabetów.