Obecny, sąsiadujący z wieżą Zygmuntowską budynek powstał 1488-1500 jako fundacja biskupia Jana Rzeszowskiego. Ma formę jednonawową, składa się z trzech przęseł nakrytych sklepieniem krzyżowo-żebrowym. Zachowały się pierwotne wsporniki i zworniki oraz na zewnątrz kamienne herby zdobiące ceglany szczyt wschodni o układzie schodkowym.
O kolejnych spisach zasobów wiemy od XVI wieku. Nie zachował się inwentarz z 1501, kolejny spisało w 1563 dwóch autorów: zasoby skarbca i biblioteki spisał ks. Walenty Brzostowski, nie wiemy kto jest autorem drugiej części inwentarza, dotyczącego wyposażenia kaplic katedralnych. Źródła te pokazują bogactwo świątyni (m.in. ponad 120 kielichów, 170 krzyży, 150 świeczników, 600 szat liturgicznych). Inwentarz otwierał nie zachowany do dziś szczerozłoty krzyż relikwiarzowy z daru Kazimierza Wielkiego (przerobiony za Zygmunta Starego), kolejne złote krzyże (po kardynale Fryderyku Jagiellończyku, Hińczy z Rogowa, krzyż z herbami ze Stopnicy oraz zachowany krzyż z koron). Przez wieki skarbiec pełnił także funkcję tezauryzacyjną - dzieła ze złota lub srebra ulegały wielokrotnie spieniężeniu na cele pokojowe (m.in. remonty) lub wojenne. Zawartość skarbca kilkakrotnie doznawała uszczerbku.