2013 Sezon 2013 Kerber zaczęła od udziału w turnieju w Brisbane, gdzie została rozstawiona z numerem czwartym. Niemka osiągnęła ćwierćfinał, w którym uległa Anastasiji Pawluczenkowej, w obydwu setach osiągając rezultat 6:7(3). W następnym tygodniu zagrała w Sydney, gdzie w półfinale uległa Dominice Cibulkovej 2:6, 6:4, 3:6. W wielkoszlemowym Australian Open zwyciężyła z Eliną Switoliną, Lucie Hradecką i Madison Keys, by w czwartej rundzie przegrać z Jekatieriną Makarową 5:7, 4:6. Na turnieju w Dosze w drugiej rundzie uległa Monie Barthel 2:6, 1:6. Podobny los spotkał ją w Dubaju, gdzie przegrała w pierwszym meczu z Robertą Vinci.
Następnie wystąpiła w turnieju w Indian Wells. Awansowała do półfinału dzięki walkowerowi Samanthy Stosur. W meczu o finał przegrała z Caroline Wozniacki 6:2, 4:6, 5:7. W Miami odpadła w trzeciej rundzie, po zwycięstwie 6:7(6), 6:3, 6:2 z Francescą Schiavone i porażce 4:6, 0:6 z Soraną Cîrsteą. W kolejnym tygodniu osiągnęła finał zawodów w Monterrey, w którym uległa Anastasiji Pawluczenkowej 6:4, 2:6, 4:6. W Stuttgarcie doszła do półfinału gry pojedynczej i podwójnej, przegrywając w pierwszym z nich z Mariją Szarapową 3:6, 6:2, 5:7.