Władze niemieckie zlikwidowały warszawskie zoo, a na jego terenie utworzyły początkowo tuczarnię świń, a następnie hodowlę lisów na futra. Niemieckie władze okupacyjne zezwoliły Żabińskiemu na zamieszkanie wraz z rodziną w jego willi na terenie zoo, która ocalała. Żabiński pracował w zarządzie miejskim Warszawy na stanowisku kierownika Wydziału Ogrodniczego. Otrzymał ausweis, który pozwalał mu na swobodne poruszanie się po mieście i zdobywanie pożywienia dla hodowanych świń i lisów.
Opustoszałe pomieszczenia zoo Jan Żabiński wraz z żoną Antoniną wykorzystywali do ukrywania Żydów przemycanych z terenu warszawskiego getta. W przemycie tym Żabiński osobiście brał udział, odwiedzając getto pod pozorem poszukiwania odpadów do karmienia świń, hodowanych wówczas na terenie ogrodu. W ciągu trzech lat przez zoo przeszły setki uciekinierów, niektórzy z nich mieszkali w piwnicy modernistycznej willi dyrektora ogrodu, nazywanej willą Pod Zwariowaną Gwiazdą, w której mieszkali Żabińscy. Tę działalność dr. Żabińskiego i jego żony uhonorował izraelski instytut Jad Waszem, nadając obojgu 21 września 1965 tytuł Sprawiedliwych wśród Narodów Świata. Wśród uratowanych przez nich była m.in. rzeźbiarka Magdalena Gross. Żabiński wspierał też m.in.