Od 1948 roku był związany z Politechniką Gdańską. Zorganizował i kierował Katedrą i Zakładem Technologii Okrętów i Organizacji Przemysłu Okrętowego. Utworzył specjalność technologia okrętów, wypromował pierwszych w Polsce doktorów w tej dziedzinie. W latach 1981–1984 pełnił funkcję rektora Politechniki Gdańskiej, na której pracował do przejścia na emeryturę w 1988 roku.
W 1993 roku zorganizował Forum Okrętowe (Związek Pracodawców Przemysłu Okrętowego) i czterokrotnie (w latach 1993–2003) wybierany był jego przewodniczącym. Od 2003 roku pełnił funkcję honorowego przewodniczącego Forum. Forum Okrętowe jako pierwsza organizacja z krajów byłego bloku socjalistycznego zostało przyjęte w 1995 roku do Association of European Shipbuilders & Shiprepairers. Został również członkiem honorowym Stowarzyszenia Inżynierów i Techników Mechaników PolskichKsięga Inżynierów i Techników Mechaników Polskich, SIMP, Warszawa 2016, s. 234, , co świadczy o jego znaczącym wkładzie w rozwój okrętownictwa oraz promocję inżynierii mechanicznej w Polsce. mały|Grób prof. Jerzego Doerffera na cmentarzu katolickim w SopocieW 2000 roku wystąpił w dokumentalnym filmie Krzysztofa Magowskiego pt. Świat moich wujków.
Od 11 listopada 1947 roku był żonaty z Marią Teresą Meissner (ur.