Heterodoksyjne idee Amalryka zyskały dość dużą popularność, wzbudziły jednak niepokój Kościoła. Stał się on kimś w rodzaju ideologa czy nawet przywódcy środowisk skłóconych z Kościołem. Pierwsze potępienie Amalryka miało miejsce w 1204. Został wezwany do Rzymu, a po powrocie do Paryża odwołał swoje poglądy na żądanie papieża Innocentego III. Potępienie było dla Amalryka przyczyną zgryzoty - na jej skutek popadł w chorobę, która miała przyczynić się do jego śmierci.
W 1210 synod zwołany w Paryżu potępił 8 tez Amalryka, a w 1215 potępienie to odnowił papieski legat Robert z Courçon. Decyzję soboru i legata zatwierdził Sobór laterański IV. Po śmierci Amalryka jego najbliższych uczniów rozpędzono, czterech z nich skazano zaś na zamurowanie żywcem w murze. W 1210 z polecenia biskupa Piotra II de la Chapelle zwłoki Amalryka zostały wydobyte z grobu, ciało spalono, a prochy rozrzucono na wiatr.