Ważnym aspektem działalności Żegoty była pomoc lekarska. Na ogół polegała ona na interwencji lekarza w miejscu, gdzie ukrywała się dana osoba. Ukrywający się Żydzi unikali opuszczania mieszkań z obawy przed rozpoznaniem przez szmalcowników lub Niemców. Z tego względu nawet skomplikowane operacje chirurgiczne musiały być przeprowadzane w konspiracyjnych, domowych warunkach. W celu organizacji pomocy przedstawiciele Żegoty nawiązali kontakt z przedstawicielami Komitetu Porozumiewawczego Lekarzy Demokratów i Socjalistów, organizacji zrzeszającej lekarzy pomagających rannych członkom AK, GL i Żydom. Kierownictwo referatu lekarskiego Żegoty objął Ludwig Rostkowski.
Według szacunków działaczy Rady do wybuchu powstania warszawskiego w sierpniu 1944 roku na terenie Generalnej Guberni akcją RPŻ (przynajmniej jedną formą pomocy: legalizacyjną, finansową, mieszkaniową, lekarską lub dziecięcą) objętych było 40–50 tys. osób.