Prezydent zaprzeczył jednak, jakoby był ich ojcemSecond Paraguay love-child claim, BBC News, 20 kwietnia 2009Third Paraguay love-child claim, BBC News, 22 kwietnia 2009.
Wiadomości te nadszarpnęły wizerunek prezydenta, choć nie zszokowały paragwajskiego społeczeństwa, opartego na kulturze mężczyzny „macho”. Ze strony opozycji pojawiły się pojedyncze głosy, wzywającego go do ustąpienia z urzędu. Według opozycji prezydent, który w czasie kampanii podkreślał znaczenie uczciwości, utracił swoją wiarygodność. Lugo w odpowiedzi oświadczył, że zamierza pozostać na stanowisku szefa państwa do końca swojej kadencji. Poprosił również o wybaczenie każdego, kto poczuł się obrażony zaistniałą sytuacją. Stwierdził, że „zawiódł Kościół, państwo i obywateli, którzy mu zaufali”Paternity claims harm Paraguay leader, BBC News, 25 kwietnia 2009Sex row Paraguay leader to stay, BBC News, 24 kwietnia 2009.
Po wykryciu u niego w sierpniu 2010 chłoniaka, został poddany leczeniu przy jednoczesnej kontynuacji obowiązków prezydenckich. Kilkukrotnie otrzymał cykle chemioterapii w szpitalu w São Paulo. W styczniu 2012 publicznie poinformował o skuteczności leczenia i całkowitej remisji nowotworu.