Udzielanie pomocy Żydom stało się jeszcze trudniejsze po utworzeniu w październiku 1940 getta i odizolowaniu go miesiąc później od reszty miasta.
W 1940 uczestniczyła w akcji dożywiania i pomocy dla polskich żołnierzy chorych na gruźlicę, których odsyłano do Warszawy z niemieckich obozów jenieckich i umieszczano w Szpitalu Ujazdowskim.
Nie chcąc tracić kontaktu ze swoimi żydowskimi podopiecznymi, zdobyła w dyrekcji Miejskich Zakładów Sanitarnych dla siebie i Ireny Schultz legitymacje pracowników kolumny sanitarnej zwalczającej choroby zakaźne w getcie. Uzyskanie przepustki wiązało się z koniecznością poddania się serii uciążliwych szczepień. Przepustka umożliwiała wchodzenie i swobodne poruszanie się po getcie do stycznia 1943. Irena Sendlerowa nosiła tam żywność, odzież, pieniądze i lekarstwa, m.in. razem z Ireną Schultz przeniosły do dzielnicy zamkniętej ok. 1000 porcji szczepionki Weigla na tyfus plamisty, produkowanej nielegalnie w Państwowym Zakładzie Higieny. Wchodziła do getta nawet 2–3 razy dziennie (aby nie wzbudzać podejrzeń wartowników – przez różne bramy). Chcąc wyrazić solidarność z jego mieszkańcami, w getcie wkładała opaskę z Gwiazdą Dawida. Dzięki temu nie zwracała również na siebie uwagi i unikała legitymowania.