Armia parlamentu odstąpiła od twierdzy, ale tylko na kilka dni. 4 października pod zamek nadciągnęły oddziały Edwarda Montagu, hrabiego Manchester. Boys odparł pierwszy szturm i wytrzymał ostrzał artyleryjski do czasu nadejścia wojsk Karola I. Manchester odstąpił od zamku, a Boys, za swoje zasługi przy obronie zamku, otrzymał 21 października tytuł szlachecki, a także awans na pułkownika regimentu Rivers, którym dowodził w Donnington.
27 października Boys brał udział w drugiej bitwie pod Newbury, dowodząc artylerią w zamku Donnington. Rojaliści ponieśli w tej bitwie porażkę i musieli się wycofać, a zamek został oblężony przez oddziały sir Williama Waltera. Boys ponownie odrzucił propozycję kapitulacji i doczekał 9 listopada, kiedy Karol nadciągnął z odsieczą.
Armia parlamentarna ponownie pojawiła się pod zamkiem Donnington w listopadzie 1645 r. Właściwe działania rozpoczęły się dopiero na wiosnę 1646 r. Po ciężkim bombardowaniu Boys zwrócił się do Karola I z pytaniem o dalsze działania. Karol nie miał sił aby przyjść Boysowi z odsieczą, więc ten rozpoczął rozmowy w sprawie kapitulacji. Ostatecznie zamek skapitulował 1 kwietnia. Garnizon otrzymał pozwolenie na przejście z chorągwiami i bębnami do rojalistycznego garnizonu w Wallingford.