We wrześniu 2006 „Życie Warszawy” zarzuciło ks. Niewęgłowskiemu, że był tajnym współpracownikiem SB o pseudonimie „Recenzent”. Ks. Niewęgłowski temu zaprzeczył i zwrócił się do IPN o przyznanie mu statusu pokrzywdzonego. W lutym 2008 został oczyszczony z zarzutu przez Kościelną Komisję Historyczną.

Od 9 grudnia 1996 był doktorem w zakresie nauk teologicznych Akademii Teologii Katolickiej, od 1999 Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego. Po 2002 kierował Zakładem Dziennikarstwa Telewizyjnego w Instytucie Edukacji Medialnej i Dziennikarstwa UKSW. Ponadto wykładał: 1984–1999 oraz 2004 w Wyższym Seminarium Duchownym w Siedlcach, 1996–1998 w Akademii Teatralnej w Warszawie, 1996–1999 w Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie (ATK), 1996–2001 w Akademii Sztuk Pięknych w Warszawie, 1996–2002 w Papieskim Wydziale Teologii w Warszawie.

Od 1997 był redaktorem telewizyjnych programów katolickich w telewizji publicznej TVP3 (od 2007 TVP Info) i WOT.

W 1999 został przyjęty do Zakonu Rycerskiego Grobu Bożego w Jerozolimie. W 2006 otrzymał Krzyż Wielki z Gwiazdą Orderu Świętego Stanisława.