1 listopada 1918 roku został mianowany dowódcą Pułku Piechoty Ziemi Wadowickiej, który w styczniu 1919 roku został przemianowany na 12 pułk piechoty. 29 kwietnia 1919 roku został formalnie przyjęty do Wojska Polskiego z zatwierdzeniem posiadanego stopnia pułkownika ze starszeństwem z dniem 1 lutego 1918 rokuDziennik Rozkazów Wojskowych Nr 50 z 8 maja 1919 roku, poz. 1583.. Obowiązki dowódcy pułku objął dopiero 7 marca 1919 rokuAutorzy Księgi chwały piechoty podali, że płk Jan Mishke dowodził pułkiem wyłącznie w dniach 7-18 marca 1919 roku. Data „18 marca” jest ewidentną pomyłką redakcyjną. Według tych samych autorów pułkownik Mischke miał dowodzić pułkiem do 18 czerwca 1919 roku.. Od 8 maja do 18 czerwca tego roku dowodził 12 pułkiem piechoty i Grupą Operacyjną w walkach z Ukraińcami między innymi w obronie TrembowliFranciszek Mucha, Zarys historii wojennej ..., s. 5 i 9 podał, że pułkownik Mischke 8 maja 1919 roku przybył z Wadowic do Zimnej Wody na front ukraiński, gdzie objął dowództwo nad pułkiem i sprawował je w czasie polskiej ofensywy majowej..