Użyczył głosu Osłowi w polskiej wersji filmu animowanego Shrek (2001) oraz jego kontynuacjach. W latach 2000. nagrał serię audiobooków z baśniami Hansa Christiana Andersena na zlecenie wydawnictwa Media Rodzina. Współpracował z RMF FM przy kampanii „Prawda czy fałsz?” oraz czytał Przygody dobrego wojaka Szwejka. Został członkiem rady programowej radia RMF Classic. mały|Stuhr (2015) W latach 2002–2008 ponownie piastował stanowisko rektora krakowskiej PWST. W 2007 otrzymał tytuł doktora honoris causa Uniwersytetu Śląskiego w Katowicach.
Zagrał główną rolę w wyreżyserowanym przez siebie filmie Pogoda na jutro (2003), za który otrzymał wiele międzynarodowych nagród, m.in. Nagrodę Fipresci na Międzynarodowym Festiwalu Filmowym w Wiesbaden oraz nagrody publiczności na Międzynarodowym Festiwalu Operatorów Filmowych „Manaki Brothers” w Macedonii i na 27. Międzynarodowym Festiwalu Filmowym w Denver. W 2004 na łamach „Gazety Krakowskiej” zaczęły być publikowane jego rozmowy z Marią Malatyńską. W 2005 otrzymał nagrodę im. Roberta Bressona od Papieskiej Rady Kultury. W 2006 otrzymał Krakowski Laur „dla człowieka godzącego sztukę, naukę i biznes”. Zagrał epizodyczną rolę w wyreżyserowanym przez siebie filmie Korowód (2007).