Następną podróż planował odbyć do Chin, jednakże istniał tam zakaz wjazdu obcokrajowców. Wobec tego Ksawery został towarzyszem ambasadora Portugalii . Towarzyszyło im kilku kleryków oraz Chińczyk imieniem Antonio. Załoga musiała zrobić przystanek w Malakce, gdzie kapitan portu Álvaro de Ataíde zabronił dalszego rejsu z zazdrości o wizytę u chińskiego cesarza. Po wielu prośbach i groźbach ustąpił, lecz nie pozwolił płynąć ambasadorowi Pereirze i zmienił załogę statku. W sierpniu 1552 roku dopłynęli do wyspy , sześć mil od wybrzeża Chin. Usiłował wówczas znaleźć Chińczyka, który pomógłby im się dostać do Państwa Środka. Po dwóch miesiącach zgodził się na to pewien kupiec, lecz później się wycofał. Ponadto Franciszka opuścili dwaj jego klerycy Álvaro i Krzysztof. Nie mogąc dostać się do Chin, postanowił czekać, aż będzie tam płynąć delegacja króla Syjamu i przyłączyć się do nich. 21 listopada podupadł na zdrowiu i zaczął mocno gorączkować. Stosowano u niego puszczanie krwi, ale bezskutecznie. Franciszek często tracił przytomność, a później także mowę. Zmarł 3 grudnia 1552 roku na Shangchuan Dao.