Rządy Jana Adama II od początku były ukierunkowane na niezależność Liechtensteinu i rozwój polityki zagranicznej. To właśnie z jego inicjatywy Liechtenstein przystąpił do Organizacji Narodów Zjednoczonych w 1990 roku oraz do Europejskiego Obszaru Gospodarczego w 1995 roku. Ponadto od 1990 roku prowadził działania mające na celu odzyskanie majątku książęcego nielegalnie skonfiskowanego na terenie Czechosłowacji po II wojnie światowej.
Książę nie pozostawał również bierny w sprawach wewnętrznych Liechtensteinu. W 1992 roku doszło do sporu między Księciem a Landtagiem w sprawie przystąpienia do EOG. Spowodowało to kryzys polityczny, a władca groził nawet rozwiązaniem parlamentu, jednak udało się osiągnąć kompromis. Zaistniała sytuacja przyczyniła się do trwającej dekadę dyskusji konstytucyjnej. W jej wyniku w 2002 roku książę wyszedł z inicjatywą zmiany Konstytucji, która w 2003 roku została poddana pod referendum. Proponowane zmiany wywołały sporo kontrowersji, ponieważ znacznie poszerzały one kompetencje głowy państwa. Mimo tego obywatele przyjęli poprawki do ustawy zasadniczej – „za” głosowało 64% Liechtensteińczyków.