Być może wówczas kościół w Kępkach został przejęty przez protestantów. Należy jednak podkreślić, że Kapituła Pomezańska w Kwidzynie sprzeciwiła się sekularyzacji kraju i reformacji Kościoła w diecezji pomezańskiej, gdy tymczasem niższe duchowieństwo bardzo szybko zostało wchłonięte przez reformację. Ze źródeł historycznych wynika, że pierwszy ewangelicki kaznodzieja – Dawid Friedrich – pojawił się w Kępkach w 1604 roku. Od tego czasu znane są wszystkie nazwiska jego następców. Nieznane są losy pierwotnego kościoła i nie wiadomo, dlaczego następny, zbudowany w 1663 roku, został usytuowany nie w Kępkach, a w Bielniku II (dawny Ellerwald IV). W tym kościele pracował zapewne pastor Herrmann Ferdynand Ludwig Knopf, który w latach 1895-1897 pełnił funkcję kaznodziei pomocniczego w Kępkach. Wspomniany już, szachulcowy kościół w Bielniku, po II wojnie światowej, został przez władze komunistyczne rozebrany do fundamentów. Większość dokumentów dotyczących Kępek i Żuław nie została jeszcze opracowana. Dokumenty, znajdujące się w Archiwum Gdańskim, są napisane w języku niemieckim, co przysparza trudności w ustaleniu dalszych losów kościoła i parafii w Kępkach.