Najpiękniejszym i najstarszym zabytkiem gotyckim w kościele jest rzeźba Matki Bożej z dzieciątkiem, tzw. Madonna na lwie, pochodząca z roku 1375. Dzwon na wieży kościoła, kropielnica i chrzcielnica pochodzą z przełomu XIV–XV wieku. Tak samo późnogotycki krucyfiks na tzw. belce tęczowej.
Od początku XVIII wieku istnieje w Lubieszewie kult Matki Bożej Szkaplerznej. Jest on związany z przepięknym barokowym feretronem Matki Boskiej Niepokalanej (Matka Boża Lubieszewska). Od tamtego czasu Lubieszewo jest niepisanym Sanktuarium, a na coroczny, największy na Żuławach odpust 16 lipca przychodzą od wielu lat piesze pielgrzymki z pobliskich miejscowości.
Barokowy i dość jednorodny wystrój wnętrza kościoła czyni z niego jeden z najpiękniejszych na Żuławach.
Ołtarz główny z malowidłem patronki kościoła św. Elżbietą Węgierską pochodzi z 1707 roku. W antependium ołtarzowym znajduje się kurdyban z XVII wieku. W bocznych ołtarzach malowidła ze scenami: biczowania Pana Jezusa, Ecce Homo, Adoracji dzieciątka, Matki Bożej Szkaplerznej. W antependium prawego ołtarza znajduje się malowidło męczeństwa św.