Spekulacje wokół zaginięcia i śmierci Po zakończeniu wojny Müller zniknął i został uznany za zmarłego w 1945. Istnieją jednak różne hipotezy jego zaginięcia i śmierci: został przejęty przez Amerykanów i służył CIA jako cenne źródło informacji wywiadowczej, działał w tzw. Organizacji Gehlena, służby wywiadowczej poprzedzającej Federalną Służbę Wywiadowczą, przeszedł na stronę Rosjan i uciekł do nich pod koniec kwietnia 1945 (podobno widziano go nawet w połowie lat pięćdziesiątych na honorowej trybunie w Moskwie podczas którejś z uroczystych parad pierwszomajowych), ukrywał się w Ameryce Południowej (podobno jeszcze w 1972 mieszkał w Peru), popełnił samobójstwo w ostatniej kwaterze Gestapo w podziemiach kościoła św. Trójcy w Berlinie (relacja Johanna Petera Baura, osobistego pilota Hitlera).
W 1963 r., po rozkopaniu grobu, w którym był rzekomo pochowany, okazało się, że znajdują się w nim szczątki trzech mężczyzn, z których, jak wykazały badania, żadne nie należały do dawnego szefa Gestapo.
Peter Malkin, doświadczony agent Mosadu, który brał udział w akcji schwytania Adolfa Eichmanna, w swojej książce Schwytałem Eichmanna utrzymuje, że rozpoznał Müllera w Brazylii w latach 50., podczas obserwacji jego syna przebywającego tam na urlopie.