O ukryciu ołtarza komendant szwedzki Paul Würtz dowiedział się od Żydów z Kazimierza, odnalazł go i sprzedał Żydowi Pinkusowi z Kazimierza. Według inkwizycji komendanta zamkowego z 1657 roku dwie części tego ołtarza ważyły 80 grzywien, nie ustalono wagi trzeciej głównej części. Żydzi ołtarz ten połamali, potłukli i stopili na srebro. Po inkwizycji Krakowska Kapituła Katedralna wytoczyła Żydom proces, w 1659 roku zapadł wyrok skazujący Żydów kazimierskich na zapłacenie 10 000 złotych za zniszczenie ołtarza i za doprowadzenie Szwedów do jego odnalezienia. Stacjonujące na Wawelu wrogie wojska obrabowały całe wzgórze.
W 1669 r. kapituła zamówiła nowy relikwiarz u gdańskiego złotnika Piotra von der Rennena, który wykonał również trumnę na relikwie św. Wojciecha. Tymczasem relikwie złożono chwilowo w starej trumnie, pochodzącej z fundacji księżnej Kingi. Relikwiarz był już gotowy w 1670 r., jednak kapituła nie miała czym zapłacić.