Na konferencji Indyjskiej Ligi Niepodległościowej w Bangkoku 15-23 czerwca, został on mianowany głównodowodzącym Indyjskiej Armii Narodowej (INA). Jednakże duży wzrost liczebny formacji zaniepokoił Japończyków. W grudniu została ona ostatecznie rozwiązana, a kpt. M. Singha Deba aresztowano i zesłano do Pulau Ubin. Po objęciu przywództwa Indyjskiej Ligi Niepodległościowej i INA przez przybyłego z Niemiec Subhasa Czandra Bose na początku lipca 1943 roku, M. Singh Deb został zwolniony. Powrócił do służby w INA jako jeden z jej dowódców. Uczestniczył w japońskiej ofensywie na obszarze Birmy w lutym 1944 roku, a następnie w ciężkich walkach 1 Dywizji INA w północnych Indiach (patrz np. bitwa o Imphal). Pod koniec 1944 r. siły japońsko-indyjskie zostały jednak zmuszone do odwrotu do Birmy. INA w liczbie ok. 40 tys. żołnierzy wzięła jeszcze w styczniu 1945 roku udział w końcówce kampanii birmańskiej, wystawiając tam łącznie dwie dywizje – w rejonie Mandalay. Ostatecznie na wiosnę Rangun został zajęty przez Brytyjczyków.