Historia Wysoko położone nad dnem doliny terasy i skały stanowiły z natury doskonałe miejsce obronne. W dolinie Prądnika zachowało się kilka śladów grodzisk z wczesnego Średniowiecza. Są to: gród na Górze Okopy, Ogrojec obok Jaskini Ciemnej oraz grodziska w Sułoszowej i Grodzisku Skale. W Ojcowie i w jego okolicach znalazł schronienie Władysław Łokietek w czasie swoich walk o zjednoczenie Polski (stąd legenda o Jaskini Łokietka). Z czasów Kazimierza Wielkiego pochodzi zachowana do dziś warownia – Zamek w Pieskowej Skale i ruiny zamku w Ojcowie. Warownie te strzegły szlaku handlowego z Krakowa na Śląsk.
Od XVI w. zaczęły powstawać zabudowania w samej Dolinie Prądnika: domy, tartaki, młyny, folusze, papiernie, prochownie. Dolina stała się popularnym miejscem turystyki i rekreacji wśród krakowskiej inteligencji. Bywali w niej m.in.: Julian Ursyn Niemcewicz, Fryderyk Chopin, Jadwiga Łuszczewska (od jej pseudonimu pochodzi nazwa Igła Deotymy), Wojciech Gerson, Stanisław Staszic. Niektórzy z nich pozostawili publikacje naukowe, pamiętniki i opisy doliny. W czasie powstania styczniowego ukrywali się w niej powstańcy z oddziału Mariana Langiewicza (okresowo nawet w liczbie 2 tys.), stoczono walki w Pieskowej Skale i w Skale. Ruch oporu przeciwko okupantowi działał również w czasie II wojny światowej.