Historia thumb|150px|Herb miasta z lat 1987–2017 thumb|150px|Herb miasta z lat 1820–1987 w Krakowskich Sukiennicach Postać świętej Małgorzaty stojącej na smoku występowała w herbie od momentu założenia miasta w 1292. Zgodnie ze średniowiecznym zwyczajem na herb miasta wybrano świętą, patronującą miejscowemu kościołowi farnemu. Wizerunek ten, występujący na pieczęciach miejskich zmieniał się nieznacznie przez wieki. Istniała wersja ze św. Małgorzatą siedzącą na tronie i powstrzymującą smoka lejcami.
Około 1820 gdy Nowy Sącz znajdował się pod zaborem, władze austriackie nakazały zmianę herbu, ze względu na jego religijną wymowę. Wprowadzono wówczas herb w postaci bramy o trzech basztach, z koroną i postacią rycerza stojącego w otwartym przejściu. Zarząd Miejski Nowego Sącza żywiąc wątpliwości co do herbu z bramą forteczną jako prawowitego, wystąpił w 1937 do Ministra Spraw Wewnętrznych w Warszawie o ustalenie godła dla miasta. Ministerstwo po porozumieniu się z Ministerstwem Wyznań i Oświecenia Publicznego opublikowało w Monitorze Polskim nr 88, poz. 130 z dnia 21 marca 1938 r. zarządzenie zatwierdzające dla miasta herb z wyobrażeniem św. Małgorzaty. Zarząd Miejski ogłosił 26 maja 1939 konkurs na projekt herbu i pieczęci. Zapytania o warunki konkursowe składane być miały w kopertach z hasłem "Bardzo pilne".