Siedziba władz Japonii Po zwycięskiej bitwie pod Odawarą (1590), drugi z trzech zjednoczycieli Japonii – Hideyoshi Toyotomi – oddał przyległe ziemie Kantō w lenno jednemu ze swoich sojuszników, Ieyasu Tokugawie. Mimo że w regionie istniały inne historycznie ukształtowane miasta (Odawara i Kamakura), Ieyasu doceniając walory położenia niepozornego Edo, uczynił z niego centrum swoich dóbr, a wkrótce – jako założyciel dynastii siogunów, panującej od 1603 r. – faktyczną stolicę kraju, do której przeniósł z Kioto urzędy siogunatu (bakufu). Wraz ze swym synem i następcą, Hidetadą Tokugawa (zm. 1632), patronował ukształtowaniu miasta. Kioto do XIX w. stanowiło tylko rezydencję cesarzy, pozbawionych jednak realnej władzy.
Drugi zamek Edo (Edo-jō), ukończony w 1637 r., zajmował rozległy obszar, otoczony licznymi fosami. Pierwotnie miał wielką wieżę (analogicznie do innych zamków budowanych w tym okresie, jak Himeji-jō), której jednak nie odbudowano po „pożarze Meireki”. Zniszczył on miasto w 1657 roku.