Przełom XVI i XVII w. był niespokojnym okresem dla Bredy. Pomimo szerzącego się w 1566 w Holandii protestanckiego ruchu nazywanego ikonoklazmem, dzieła sakralne przetrwały a kościół pozostał katolicki aż do 1576. Potem jednak kościół kilkukrotnie zmieniał właściciela: w latach 1577–1581 należał do protestantów, następnie do 1590 (w czasie gdy Breda była okupowana przez Hiszpanów) z powrotem wrócił do katolików. W 1590 miasto zostało odbite przez Maurycego Orańskiego, Księcia Nassau i kościół znowu został przejęty przez protestantów. W 1625 podczas ponownej okupacji hiszpańskiej kościół po raz kolejny trafił do katolików, a w 1637 Fryderyk Henryk Orański odbił miasto i świątynia ostatecznie stała się protestancka. Wszystko co w jakikolwiek sposób przypominało okres w którym kościół należał do katolików zostało usunięte.
W 1648 na mocy pokoju westfalskiego, Brabancja (kraina historyczna, której częścią była Breda) została przyłączona do Republiki Zjednoczonych Prowincji. Odbiło się to na wzroście gospodarczym i ekonomii prowincji.