W XVI wieku w mieście istniały cechy rzemieślnicze: szewski, stolarski, bednarski, sukienniczy, rymarski, a od 1604 krawiecki, od 1641 kowalski i od 1708 rzeźniczy.
W styczniu 1734 roku, w czasie wojny o sukcesję polską, doszło do bitwy pod Miechowem, w której siły polskie pokonały oddział saksoński.
Okres zaborów mały|Bitwa pod Miechowem, grafika Walerego Eljasza-Radzikowskiego mały|Armia rosyjska pustoszy i pali Miechów w ramach represji za powstanie styczniowe mały|Widok Miechowa około 1913 W wyniku trzeciego rozbioru Polski Miechów znalazł się w zaborze austriackim (1795 r.), zaś w 1807 roku wszedł w skład Księstwa Warszawskiego. Po utworzeniu Królestwa Kongresowego Miechów został stolicą obwodu i powiatu w województwie krakowskim z siedzibą w Kielcach (1816 r.). W 1841 roku Miechów znalazł się w guberni kieleckiej i pozostawał w niej do 1915 roku, z wyjątkiem lat 1844–1867, kiedy to przejściowo wszedł w skład guberni radomskiej.
W 1819 roku, na skutek kasaty zakonu bożogrobców w zaborze rosyjskim, Miechów opuścili ostatni zakonnicy na czele z proboszczem kościoła Grobu Bożego i ostatnim prepozytem zakonu (w jednej osobie) Tomaszem Nowiną-NowińskimGach P.P., Kasata zakonu Bożogrobców na ziemiach polskich w XIX wieku. [w:] Bożogrobcy w Polsce. Instytut Wydawniczy „Pax”, Warszawa 1999, s.