Należy jednak wziąć pod uwagę, że klub borykał i nadal boryka się z dużymi trudnościami finansowymi, a gra w III lidze, dalekie wyjazdy i co związane z tym wysokie koszty utrzymania pierwszego zespołu, pogrążyłyby klub jeszcze bardziej. Po tym sezonie kilku najlepszych graczy odeszło z zespołu, pierwszą drużynę zasiliła grupa młodzieżowców. Jednakże to nie wystarczyło na utrzymanie klubu w IV lidze. W sezonie 2003/2004, najgorszym w historii klubu, Lechia nie odnosząc żadnego zwycięstwa w lidze, spadła do klasy okręgowej. Nastąpiła przebudowa całego zespołu – postawiono na młodzież i swoich wychowanków.
W sezonie 2005/2006 Lechia Dzierżoniów grała w klasie okręgowej, natomiast juniorzy występowali w najwyższej klasie rozgrywkowej – Dolnośląskiej Lidze Juniorów. Bardzo rozwinęło się szkolenie młodzieży i dlatego najmłodsze grupy piłkarskie zdobyły już prestiż na arenie krajowej, spotykając się w turniejach z takimi klubami jak Legia Warszawa czy Wisła Kraków. A ostatnio są zapraszane na turnieje zagraniczne, gdzie grają m.in. ze Spartą Praga czy Bayerem 04 Leverkusen.
W sezonie 2006/2007 Lechia Dzierżoniów zapewniła sobie awans do IV ligi, w sezonie kolejnym utrzymała się w tej klasie rozgrywkowym, by w sezonie 2008/2009 zająć wysokie, bo 4.