Głównym celem jest przejście siedmiu światów aż do końca gry, ale dzięki tajnym ścieżkom Star Road gracz może dotrzeć do końca znacznie szybciej. Aby dostać się do ukrytego świata, musi znaleźć klucze rozrzucone po poziomach. Znaleziony klucz trzeba zanieść do dziurki od klucza, co odblokowuje nowy poziom albo ścieżkę Star Road. Tajne poziomy mogą prowadzić do kolejnych, na przykład do Special World. Ukończenie Special Zone na stałe zmienia wygląd sprite’ów niektórych przeciwników i kolorystykę mapy świata.
Fabuła Fabułę gry opisuje instrukcja obsługi. Po przywróceniu pokoju w Mushroom World w Super Mario Bros. 3 bracia Mario i Luigi wyjeżdżają na wakacje z księżniczką Toadstool do Dinosaur Land – prehistorycznej krainy pełnej dinozaurów i innych przeciwników. Gdy odpoczywają na plaży, Bowser porywa księżniczkę. Po przebudzeniu Mario i Luigi zaczynają jej szukać i po wielu godzinach znajdują w lesie wielkie białe jajo w zielone kropki. Nagle wykluwa się z niego młody dinozaur Yoshi i mówi im, że dzieci Bowsera, złe Koopalings, uwięziły w jajach również jego przyjaciół. Mario i Luigi szybko się domyślają, że siły Bowsera musiały porwać także Toadstool. Mario, Luigi i Yoshi wyruszają na ratunek księżniczce i przyjaciołom Yoshiego. Przemierzają Dinosaur Land w poszukiwaniu Bowsera i Koopalings.