(Pachołek 118' – Augustyniak 95' Dopierała 102') Odra II Opole – Polonia Środa Śląska 2:1 dogr. (Sieńczewski 67' 111' – Sikorski 30') Start Łódź – Piotrcovia Piotrków Trybunalski 1:2 (Walas 5' – Buchowicz 49' Gondzia 84') Raków II Częstochowa – Grunwald Ruda Śląska 0:1 (Pawlik 70') MZKS Alwernia – Unia Oświęcim 2:0 (Kuźmiński 30' Kuciel 85') Lewart Lubartów – Szydłowianka Szydłowiec 3:1 (Czerebak 25' Kowalczyk 61' Sanecki 80' sam. – Jachowski 65') Granica Dorohusk – Tomasovia Tomaszów Lubelski 0:2 (Iwanicki 9' Koperwas 52') GKS Rudki – Stal II Stalowa Wola 0:3 (Dziuba 4' 71' Czubat 90'k.) Sanovia Lesko – Kamax Kańczuga 2:3 (Szewczyk 3' 41' – Pietluch 17' Pacuła 47' Słysz 55') Glinik Gorlice – Wisłoka Dębica 2:2, k. 3:5 (Winiarski 43' Igielski 83' – Kasprzyk 26' Gromaka 37')
II runda Do rozgrywek dołączyły kluby drugoligowe wg stanu z poprzedniego sezonu. Mecze zostały rozegrane w dniach 11–12 sierpnia 1998.