Fundacja „Zielone Płuca Polski” 28 września 2005 roku w siedzibie Urzędu Marszałkowskiego Województwa Podlaskiego podpisany został akt notarialny o ustanowieniu Fundacji Zielone Płuca Polski oraz został przyjęty Statut Fundacji. Sygnatariuszami Fundacji są przedstawiciele czterech samorządów wojewódzkich: podlaskiego, warmińsko-mazurskiego, kujawsko-pomorskiego i pomorskiego, Narodowej Fundacji Ochrony Środowiska, reprezentanci kilku stowarzyszeń i organizacji społecznych oraz przedsiębiorcy.
Fundacja Zielone Płuca Polski została zarejestrowana w dniu 17 października 2005 r. i wydzielona jako oddzielna jednostka z Narodowej Fundacji Ochrony Środowiska z Biura Porozumienia Zielone Płuca Polski. Siedzibą Fundacji Zielone Płuca Polski jest miasto Białystok (ul. Dojlidy Fabryczne 23). Fundacja ZPP przejmuje dotychczasowy dorobek intelektualny i materialny Biura Porozumienia Zielone Płuca Polski podległego pod Zarząd Narodowej Fundacji Ochrony Środowiska, przy której funkcjonowało od 1990 roku.