Inną wadą reaktorów RBMK-1000 była konstrukcja prętów kontrolnych (zawierających absorbujący neutrony bor w formie ). Pod prętami podwieszone były grafitowe wypieracze, których celem było wypychanie z kanałów wody w momencie, gdy pręt borowy był maksymalnie uniesiony. Pozwalało to na zwiększenie mocy reaktora, ponieważ woda również pochłania neutrony. Pręt grafitowy nie wypełniał jednak całkowicie rdzenia – pod nim znajdowało się jeszcze 1,25 m wody. Podczas awaryjnego opuszczania prętów bezpieczeństwa, co ze względu na ich duże rozmiary trwało 18 s, grafit przesuwał się w dół, wypierając wodę pochłaniającą neutrony. Powodowało to kilkusekundowy wzrost mocy reaktora w dolnej jego części, który był znacząco większy od spadku mocy w części górnej. W efekcie w początkowej fazie awaryjnego opuszczania prętów moc reaktora rosła, a nie malała. Aby zmniejszyć to niepożądane zjawisko, co najmniej 30 prętów bezpieczeństwa powinno być zawsze opuszczonych, jednak obsługa reaktora nie była tego świadoma. Przed awarią prawie wszystkie pręty były podniesione, gdyż operatorzy dążyli do uzyskania jak największej mocy.