Zalew Wiślany jest jednym z ważniejszych obszarów rozrodczych śledzia w Bałtyku Południowym. Rozród śledzia w Zalewie Wiślanym odbywa się od marca do maja, z największą intensywnością w okolicach kwietnia. Początek rozrodu uzależniony jest od temperatury wody oraz stopnia zalodzenia zalewu. Śledzie wpływają na tarło wczesną wiosną, gdy woda ma temperaturę ok. . Koniec tarła następuje przy temperaturze wody ok. . Po złożeniu ikry, śledzie opuszczają zalew i odpływają na żerowiska. Zagrożeniem dla obszarów rozrodczych może być aktywność człowieka powodująca: 1) bezpośrednie niszczenie dna, które jest miejscem tarliska, 2) zanieczyszczenie wody do poziomu powodującego zwiększenie śmiertelności ikry oraz larw śledzia, 3) wzrost eutrofizacji, powodujący zmniejszanie zawartości tlenu w wodzie oraz zmianę charakteru dna z piaszczystego na muliste oraz zanik roślinności.
Ze względu na wysokie walory przyrodnicze polska część Zalewu Wiślanego została objęta obszarami Natura 2000: PLH280007 (Zalew Wiślany i Mierzeja Wiślana – obszar siedliskowy) i PLB280010 (Zalew Wiślany – obszar ptasi).