W XIII wieku rzeka znana była jako Lipsa lub Lipca (łac. Lipza). Liber Census Daniae, spis podatkowy duńskiego króla Waldemara II z lat 1210-1231, określa ją jako LipzRafał Simiński Ziemie pruskie w świetle źródeł duńskich do przełomu XIII-XIV wieku, Pruthenia, tom IV, Olsztyn 2009, str. 204–205. Nazwę tę (Lipza) wymienia legat papieski Wilhelm z Modeny obok nazwy Pregoła w dokumencie z 1243 dzielącym Prusy na diecezje. Z nazwą tą zwiazana była też osada portowa położona w pobliżu jej ujścia (Lipza, Lipzce, wzmianka w 1246 roku), gdzie mieszczanie z Lubeki planowali założyć miasto. Prawdopodobnie znajdowała się w miejscu późniejszej dzielnicy Królewca o nazwie Lipnik (Nowe Miasto, niem. Löbenicht).
Równocześnie od XIII wieku używano nazwy Pregoła (Pregel) która przetrwała do dziś. Podaje się różną etymologię, między innymi od pruskich form Preigara lub Preigile. Wilhem z Modeny w 1243 używa formy flumen Pregore. Z nazwą tą związany był też gród Pregoła (Preghore castrum) położony u jej ujścia w ziemi Sambów, który kontrolowali Pomorzanie. W 1210 roku duński król Waldemar II nakazał pomorskiemu księciu Mściwojowi I przekazać go wraz z grodem Zantyr na potrzeby misyjne biskupa Chrystiana z Oliwy.