Jako wicepremier i minister finansów w rządzie Leszka Millera był autorem pomysłu tzw. abolicji podatkowej, która zakładała, że – wzorem rozwiązań przyjętych m.in. we Włoszech przez drugi rząd Silvia Berlusconiego () – osoby, które ukrywały swoje dochody po ich ujawnieniu będą mogły zapłacić jednorazowy podatek w wysokości 7,5% (w toku prac parlamentarnych zmienione na 12%). W mediach propozycja była krytykowana, jako z jednej strony zbyt słabo uzasadniona, a z drugiej zagmatwana prawnie, natomiast chwalona jako redukująca szarą strefę w długim okresie i wprowadzająca standardy zachodnie, w ramach spójnej, całościowej strategii. Polska Rada Biznesu co do zasady poparła pomysł, postulując jedynie obniżkę podatku abolicyjnego do 2,5 procent. W listopadzie 2002 Trybunał Konstytucyjny orzekł, że warunki abolicji podatkowej zaproponowanej w ustawie naruszają zasady konstytucyjne, m.in. demokratycznego państwa prawnego, równości wobec prawa oraz powszechności ponoszenia danin publicznych, w tym podatków. Po wyroku Trybunału opozycyjna Platforma Obywatelska wezwała ministra Kołodkę do dymisji, a następnie złożyła, poparty przez posłów PiS, LPR i SKL, wniosek o wotum nieufności wobec niego.