Alfabet, przyjęty w 1995 r., prezentuje się następująco: Aa, Aʻaʻ, Bb, Dd, Ee, Ff, Gg, Gʻgʻ, Hh, Xx, Iı, İi, Jj, Kk, Qq, Ll, Mm, Nn, Nʻnʻ, Oo, Oʻoʻ, Pp, Rr, Ss, Tt, Uu, Uʻuʻ, Vv, Ww, Yy, Zz, Sh sh.
W 2009 r. ponownie dokonano zmian w alfabecie. Zgodnie z ustawą Republiki Karakałpackiej z dnia 8 października 2009 r., dwuznak ts zastąpiono przez literę c. Litery e, o i oʻ na początku rodzimych wyrazów zaczęto zapisywać jako ye, wo i woʻ. Litera I ı została zastąpiona przez Iʻ iʻ. Wprowadzono również dwuznak ch. Po reformie alfabet karakałpacki wyglądał następująco: A a, B b, C c, D d, E e, F f, G g, H h, I i, J j, K k, L l, M m, N n, O o, P p, Q q, R r, S s, T t, U u, V v, W w, X x, Y y, Z z, Aʻ aʻ, Oʻ oʻ, Iʻ iʻ, Uʻ uʻ, Gʻ gʻ, Nʻ nʻ, Sh sh, Ch ch.
W 2016 r. dokonano kolejnej reformy, która zastąpiła apostrof akcentem ostrym (w przypadku Iʻ iʻ – zastąpiono na Í ı). Także wycofano zmianę z 2009 r. dotyczącą zapisu ye, wo oraz woʼ na początku wyrazów.
Obowiązujący alfabet wygląda następująco: А аÁ áB bD dЕ еF fG gǴ ǵH hX xÍ ıI iJ jK kQ qL lМ mN nŃ ńО оÓ óP pR rS sТ tU uÚ úV vW wY yZ zSh shC cCh ch