Historia Festiwalu Festiwal Sacrum Profanum powstał w 2003 roku we współpracy Biura Festiwalowego Kraków 2000, Filharmonii Krakowskiej oraz Polskiego Wydawnictwa Muzycznego. Pomysłodawcami nazwy, idei oraz programu byli Anna Oberc oraz Paweł Orski. Początkowo festiwal zestawiał muzykę świecką i sakralną XVIII i XIX w., wykonując ją zarówno w filharmonii, jak i hali walcowni Huty Sendzimira, w której odbywały się wielkie widowiska – m.in. „Carmina Burana”, „Romeo i Julia” i „Bernstein”. Od trzeciej edycji festiwal koncentruje się na prezentowaniu muzyki XIX i XX w. wg klucza narodowego. Kolejne edycje prezentują muzykę rosyjską (2005), francuską (2006), amerykańską (2007), niemiecką (2008), brytyjską (2009), nordycką (2010), ponownie amerykańską (2011) i polską (2012) w arcymistrzowskich wykonaniach najlepszych zespołów specjalizujących się w muzyce współczesnej: m.in. Kronos Quartet, Klangforum Wien, Ensemble Modern, musikFabrik, Asko Schönberg, Ensemble InterContemporain. W 2007 roku festiwal otworzył się na muzykę jazzową, m.in. Milesa Davisa wykonanego przez Tomasza Stańko i George’a Gershwina przez Leszka Możdżera.