I wieku, cierpieli wskutek walk wewnętrznych, zarazy i głodu, wspierani przez Chińczyków Południowi Xiongnu mieli znacznie lepsze warunki bytowania. W rezultacie dochodziło do przechodzenia Xiongnu spod władzy shanyu północnego pod władzę shanyu południowego. Jednocześnie podległe Xiongnu plemiona ich konfederacji zaczęły się uniezależniać. W roku 87 zamieszkujący tereny dzisiejszej wschodniej Mongolii i Mandżurii niedawni wasale Północnych Xiongnu, Xianbei, zadali im straszliwą klęskę, zabijając ich shanyu. Wykorzystując sytuację w roku 89 armia złożona z Chińczyków i Południowych Xiongnu dokonała inwazji na północ. Miała ona zdobyć milion sztuk koni i bydła, zabić 13 tys. nieprzyjaciół i przyjąć kapitulację 58 plemion liczących 200 tys. ludzi. Kolejne ataki w 90 i 91 roku sprawiły, że shanyu Północnych Xiongnu wraz z resztą swojego ludu udał się w kierunku doliny Ili. W latach 107–123 Północni Xiongnu na krótko ponownie opanowali Regiony Zachodnie, kiedy Hanowie wycofali się stamtąd z powodów finansowych. Ostatnia wzmianka z roku 153 umieszcza ich na północ od gór Tienszan, po czym zniknęli oni z kart historii.