Spośród innych odłamów protestantyzmu w Polsce pojawili się anabaptyści – zwani ówcześnie menonitami, a po 1548 w Wielkopolsce zaczęli osiadać wypędzeni z ojczyzny bracia czescy.
Na tle konfliktów dogmatycznych i społecznych doszło w latach 1562–1565 do rozłamu wśród zwolenników kalwinizmu. Pod wpływem ideologii włoskich unitarian, głównie Fausta Socyna, powstał Kościół braci polskich (przez przeciwników zwani „arianami”), za którymi opowiedziała się znaczna część intelektualnej elity protestantyzmu. Wykluczenie polskich unitarian ze zgody sandomierskiej zawartej w 1570 roku, uchwalonej przez kalwinistów oraz braci czeskich, a naśladowanej w innych krajach protestanckiej Europy, osłabiło pozycję polskiej reformacji oraz podkopało szanse stworzenia Kościoła narodowego. Protestantyzm spotkał się z całkowitą niemal obojętnością wśród ludności wiejskiej, zyskał zaś zwolenników w takich miastach Polski jak Kraków, czy Poznań.
Na przełomie XVI i XVII w. doszło w nich jednak do stopniowej likwidacji zborów różnowierców;