Został pochowany na Cmentarzu Salwatorskim w KrakowieProjekt nagrobka wykonany przez prof. Józefa Różyskiego , zgodnie z jego wolą w grobie skierowanym „na azymut” w kierunku rodzinnego Lwowa. Z tego powodu ułożenie nagrobka odbiega nieco od kierunku alei i pozostałych pochówków.

Rodzina Brat Jana Romera (1869–1934), generała Wojska Polskiego.

Od 1899 r. Eugeniusz Romer był żonaty z Jadwigą Rossknecht, córką współzałożyciela i dyrektora browaru w Okocimiu. Z małżeństwa tego urodziło się dwóch synów: Witold Romer (1900–1967), od 1946 r. profesor Politechniki Wrocławskiej, i Edmund Romer (1904–1988), po II wojnie światowej profesor Politechniki Śląskiej w Gliwicach.

Publikacje Był encyklopedystą oraz edytorem Encyklopedii zbiór wiadomości z wszystkich gałęzi wiedzy – polskiej encyklopedii wydanej w latach 1898–1907 przez społeczną organizację edukacyjną Macierz Polska, która działała w Galicji w okresie zaboru austriackiego. Opisał w niej zagadnienia z zakresu geografii fizycznej oraz politycznej.

Eugeniusz Romer był również twórcą czasopism: Prace Geograficzne (redaktor 1918–1939) i Polski Przegląd Kartograficzny (redaktor 1923–1934) gdzie opublikował wiele artykułów.