W 1929 r., mając 58 lat, przeszedł na wczesną emeryturę, koncentrując się na pracy w Książnicy-Atlas. W wyborach samorządowych z maja 1939 ubiegał się o mandat radnego Rady Miasta Lwowa, startując z Listy Chrześcijańsko-Narodowej, i został zastępcą radnego S. Borowskiego. Do wybuchu II wojny światowej utrzymywał jednak żywe kontakty z Uniwersytetem Jana Kazimierza, prowadząc wykłady, a także uczestnicząc w komisjach przewodów doktorskich, habilitacyjnych i innych.
Po zajęciu 30 czerwca 1941 Lwowa przez Niemców ukrył się w klasztorze Ojców Zmartwychwstańców przy ulicy Piekarskiej we Lwowie. Uniknął w ten sposób losu dwudziestu czterech profesorów lwowskich zamordowanych przez Niemców w nocy z 3/4 lipca 1941 lub w następnych dniach. Niemniej pobyt w klasztorze wykorzystał także do studiów teologicznych. Chociaż deklarował się wcześniej jako ateista, rozważał przyjęcie święceń kapłańskich. Jednak organizacja podziemna przeniosła go konspiracyjnie do Warszawy, gdzie oczekiwał na przerzut do Anglii, by tam służyć jako ekspert rządu RP na uchodźstwie. Lekarze nie wyrazili jednak zgody na tę ryzykowną podróż.