20 stycznia 1904, aby zapobiec podobnym przypadkom, Pius X wydał konstytucję Commissum nobis, w której w sposób zdecydowany potępił i zakazał pod karą ekskomuniki stosowania przy wyborach papieża ekskluzywy państwowej.

Pontyfikat Udzielił błogosławieństwa Urbi et Orbi w bazylice św. Piotra i przyjął hasło swojego pontyfikatu Wszystko odnowić w Chrystusie. Tak jak Pius IX, uznał się za więźnia Watykanu, lecz skupił się przede wszystkim na kwestiach religijnych.

Był zdecydowanym przeciwnikiem modernizmu, dając temu wyraz w dekrecie Lamentabili, encyklice Pascendi Dominici Gregis (oba z 1907) oraz w motu proprio Sacrorum antistitum (1910), gdzie ostro potępił ideały modernistyczne, określając je jako „syntezę wszystkich herezji”. Od 1 września 1910 wszyscy kandydaci na duchownych musieli składać przysięgę antymodernistyczną. Generalnie popierał działalność ruchów katolickich, ale zawiesił działalność włoskiego Opera di Congressi i francuskiego Le Sillon Marca Sangiera, za angażowanie się w politykę i próbę połączenia katolicyzmu z ideałami lewicowymi.