W następnych latach (2000-2003) trzykrotnie wygrywał Grand Prix Japonii, a raz był drugi. W 2000 i 2002 roku ponownie wystąpił w Finale K-1 WGP, ale jak poprzednio odpadał już w ćwierćfinałach.
Największy sukces osiągnął w 2003 i 2004 roku, gdy dwukrotnie zajął drugie miejsce w Finale K-1 WGP. Obie finałowe walki przegrał z Remym Bonjaskym. Ich pojedynek z 2004 roku toczył się przez 5 rund (pierwszy raz w historii finałów K-1), gdyż sędziowie zarządzili aż 2 rundy dodatkowe, mimo iż Bonjasky wyraźnie dominował nad Japończykiem w przekroju całej walki. Wzbudziło to wiele kontrowersji, część obserwatorów dopatrywała się nawet nieuczciwego faworyzowania Japończyka.
Następne lata były dla Musashiego mniej udane. W 2005 roku zdołał co prawda dojść do półfinału WGP (został w nim znokautowany przez Glaube Feitosę), ale w następnych edycjach nie zakwalifikował się nawet do ćwierćfinałów. Po serii trzech porażek, w sierpniu 2009 roku zapowiedział zakończenie kariery. Jego pożegnalną walką był pojedynek z innym weteranem K-1, Jerome'em Le Bannerem, podczas K-1 World Grand Prix 2009 Final 16. Musashi przegrał przez jednogłośną decyzję po wyrównanym boju.