O ile Fryderykowi dopisywało szczęście na lądzie, to na morzu zupełnie go zabrakło. 4 lipca 1299 admirał Doria został zwyciężony w bitwie morskiej pod Capo d'Orlando, tracąc 6000 ludzi i 22 galeryH. Finke, Die Seeschlacht am Kap Orlando 1299 Juli 4, Historische Zeitschrift 134 (1926): s. 257-266. Kolejna bitwa morska pod Ponzą (1300) również skończyła się porażką Sycylijczyków, a admirał Doria trafił do niewoli. Jakkolwiek Andegawenowie osiągnęli dzięki geniuszowi Rogera z Laurii przewagę na morzu i udało im się zająć kilka nabrzeżnych miejscowości, to jednak mimo pomocy posiłków francuskich przybyłych pod wodzą królewskiego brata Karola de Valois nie potrafili zdobyć Sycylii. Wielkie znaczenie dla powstrzymania Francuzów miała największa batalia lądowa wojny pod Falconarą koło Trapani 1 grudnia 1299, w której Sycylijczycy pobili agresorów, a dowodzący andegaweńskimi wojskami książę Filip I z Tarentu odniósł rany.