Krzysztof Warlikowski jest gejem. Jego żoną, z którą współtworzy swoje spektakle, jest scenografka Małgorzata SzczęśniakWysokie ObcasyMałgorzata Szczęśniak. Związki zawodowe i małżeńskie.
Najważniejsze inscenizacje Auto da fé według Eliasa Canettiego – PWST w Krakowie, Scena Szkolna (1992) Białe noce według Fiodora Dostojewskiego (dyplom reżyserski) – PWST w Krakowie, Scena Szkolna (1992) Markiza O. według Heinricha von Kleista – Stary Teatr im. Heleny Modrzejewskiej w Krakowie (1993) Kupiec wenecki Szekspira – Teatr im. W. Horzycy w Toruniu (1994) Proces według Franza Kafki – School of Drama Beit Zvi w Tel Awiwie (1995) Roberto Zucco Bernarda-Marie Koltèsa – Teatr Nowy w Poznaniu (1995) Elektra Sofoklesa – Teatr Dramatyczny w Warszawie (1997) Zimowa opowieść Szekspira – Teatr Nowy w Poznaniu (1997) Tancerz mecenasa Kraykowskiego według Witolda Gombrowicza – Teatr Powszechny w Radomiu (1997) Hamlet Szekspira – School of Drama Beit Zvi w Tel Awiwie (1997) Poskromienie złośnicy Szekspira – Teatr Dramatyczny w Warszawie (1998) Perykles Szekspira – Piccolo Teatro w Mediolanie (1998) Zachodnie wybrzeże Bernarda-Marie Koltèsa – Teatr Studio w Warszawie (1998) Fenicjanki Eurypidesa – Municipal Theater w Beer Szewa (1998) Wieczór trzech króli Szekspira – Staatstheater w Stuttgarcie (1999) Hamlet Szekspira – Teatr