Dwaj wybitni patriarchowie XIX wieku, Maksym III Mazloum (1833–1855) i Grzegorz II Youssef-Sayour (1864–1897) zakończyli organizowanie Kościoła, rozciągnęli jego struktury na teren Palestyny (patriarchatu Jerozolimy). (Trzeba pamiętać, iż od upadku Jerozolimy nie przebywał tam żaden patriarcha katolicki, a w Rzymie miał swoją siedzibę tytularny łaciński patriarcha Jerozolimy.)
W 1837 patriarcha melchicki Maksym III Mazloum uzyskał od Imperium Osmańskiego władzę cywilną (tzw. prawo separacji narodu „rum millet”) na terytorium podległych mu patriarchatów. W roku następnym przywilej ten zatwierdził Grzegorz XVI.W 1841 Maksym III Mazloum został administratorem generalnym Rycerskiego Zakonu św. Łazarza z Jerozolimy, przyjmując także dla siebie i swych następców tytuł Protektora tego zakonu.
Powstały patriarchalne szkoły w Bejrucie (1865) i w Damaszku (1875) oraz seminarium świętej Anny w Jerozolimie (1882). Pod koniec XIX wieku, w ślad za wiernymi emigrującymi do USA, również tam zaczęły powstawać struktury kościelne.