W 1462 na mocy układu pomiędzy królem polskim Kazimierzem Jagiellończykiem, a królem czeskim Jerzym z Podiebradu, zamek barwałdzki wraz z między innymi Chocznią znalazł się ostatecznie pod zwierzchnictwem polskim. Odtąd do czasu rozbiorów Chocznia była dobrem królewskim należącym do starostwa barwałdzkiego, w przeciwieństwie do sąsiednich miejscowości przynależących najpierw do księstwa, a potem starostwa zatorskiego. Począwszy od końca XV wieku do Choczni napływała nowa fala osadników, osiedlanych na prawie wołoskim w systemie zarębkowym, poza terenem dotychczasowej wsi (w Nowej Choczni lub Chocynie). Ślady tego osadnictwa przetrwały w nazwiskach współczesnych Chocznian i nazwach miejscowych (Osiedle Malatowskie, Komanie, Ramendowskie, Zarąbki). Rejestr skarbowy z 1581 wspomina, że Chocznię zamieszkiwało wówczas ok. 200 mieszkańców, a wieś posiadała kościół, przy którym istniała szkółka. W 1582 król Stefan Batory nadał chłopu z Choczni- Grzegorzowi Scurzykowi (Szczurowi) za zasługi poniesione w bitwie pod Pskowem wydzieloną część gruntów choczeńskich, określanych jako majątek sołtysi lub wybraniecki. Odrębność tego majątku, pozostającego w rękach różnych właścicieli, utrzymała się aż do XX wieku.