W 1732 kościół został odebrany jezuitom oddany pod patronat Akademii Krakowskiej. Z 1748 pochodzi opis kościoła zawarty w aktach wizytacji biskupiej, zgodnie z którym kościół otoczony był cmentarzem, a przy południowym murze świątyni znajdowała się kostnica. Na dachu wznosiła się sygnaturka. Wejście do kościoła prowadziło przez dobudowaną od zachodu do fasady kruchtę, a obok znajdowała się dzwonnica z trzema dzwonami. Od północy do prezbiterium przylegała zakrystia, a po drugiej stronie chóru znajdowała się kaplica św. Ignacego, której ołtarz i ściany wyłożono czarnym marmurem. Także z czarnego marmuru był wykonany ołtarz św. Stanisława Kostki. W ołtarzu głównym znajdował się drewniany krucyfiks, a ponad nim obraz św. Szczepana. Ponadto w kościele znajdowało się dziewięć innych ołtarzy (Najświętszej Marii Panny, św. Urszuli, Zdjęcia z Krzyża, św. Anny - cechu białych garbarzy, Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny - cechu krupniczego, św. Mikołaja - cechu czerwonych garbarzy, św. Jadwigi śląskiej, św. Marii Magdaleny - cechu ogrodników, św. Stefana - cechu garncarzy). W narożniku przylegającego do kościoła cmentarza wznosił się budynek szkoły parafialnej, ufundowany przez Macieja Miechowitę na początku XVI w. (wcześniejszy, drewniany, spłonął w 1494).