Pomimo dobrych referencji Du Bois z powodu dyskryminacji miał jedynie opcję podjęcia pracy w Wilberforce College – małej, zaściankowej szkole dla czarnoskórych w Ohio.
Działalność thumb|200px|Du Bois w 1904 r. Pierwszą organizacją na rzecz praw człowieka współtworzoną przez Du Bois był (1905–1910). Ruch Niagara stał w opozycji do ewolucjonistycznej polityki Bookera T. Washingtona w sprawie równych praw czarnych i białych w Stanach Zjednoczonych. Założycielom Ruchu Niagara chodziło o natychmiastowe zrównanie praw. Du Bois współtworzył NAACP – ruch na rzecz praw człowieka, który z założenia miał wielorasowy charakter, a jego celem było urzeczywistnienie 13., 14. oraz 15. poprawki Konstytucji Stanów Zjednoczonych na drodze pokojowej, na przykład poprzez procesy sądowe wytaczane przeciwko lekceważącym je. W 1910 r. wyjechał z Atlanty do Nowego Jorku, gdzie założył organ prasowy NAACP – "The Crisis" (Kryzys). W 1934 r. Du Bois napisał dwa artykuły o czarnym separatyzmie i jego ekonomicznych zaletach. Du Bois był członkiem braterstwa Alfa Fi Alfa (ΑΦΑ) – pierwszego braterstwa w Stanach Zjednoczonych założonego przez czarnych.