Materiały archiwalne Stefana Ehrenkreutza znajdują się w PAN Archiwum w Warszawie pod sygnaturą III-108Spis inwentarzy, Polska Akademia Nauk Archiwum w Warszawie, [dostęp 2024-02-28]..
Instytut Naukowo-Badawczy Europy Wschodniej i wileńskie studium historii prawa litewskiego W 1930 organizował, a następnie był długoletnim prezes zarządu Instytutu Naukowo-Badawczego Europy Wschodniej w Wilnie, kierując dodatkowo jego sekcją historyczno-prawnąA. W., Stefan Ehrenkreutz, „Kwartalnik Historyczny”, R. LIII (1939-1946), nr 3-4, s. 383-384.. Był pomysłodawcą, organizatorem i kierownikiem założonego w 1934 studium historii prawa litewskiego przy Wydziale Prawa, mające prowadzić badania naukowe i działalność popularyzatorską oraz wspomagać naukowców w kontaktach z archiwami (prywatnymi i państwowymi) oraz z bibliotekamiA. W., Stefan Ehrenkreutz, „Kwartalnik Historyczny”, R. LIII (1939-1946), nr 3-4, s. 384..
Członkostwo w towarzystwach naukowych Ehrenkreutz był od 1934 członkiem korespondentem Towarzystwa Naukowego Warszawskiego, od 1936 członkiem przybranym Towarzystwa Naukowego we Lwowie, członkiem Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Wilnie oraz członkiem Zarządu Głównego i przewodniczącym oddziału w Wilnie Polskiego Towarzystwa Historycznego.